Как отследить открытые на чтение файлы под определённым пользователем?

lsof

Супер! А можно чтоб мониторинг был с вариантом запуска команды, а потом я кое что буду открывать и смотреть какие файлы используются?

С таймером запускайте -r1

auditd можно заюзать

strace -e trace=open,close,read,write,connect,accept /path/to/koe-chto

• auditd - для наблюдения и логирования на регулярной основе.
• lsof,fuser и strace - для единовременной диагностики, когда нужно получить инфу о текущих событиях связанынх с какими-то процессами юзающими файлы.
• inotify и утилита inotifywatch - для наблюдения за определёнными файлами некоторое время.
• incrond - для выполнения заданий при определённых событиях inotify, к примеру при открытии или редактировании файла.