У меня Emacs вызывает отвращение, как и его достойный соперник Vim. Но для Python-а есть довольно много IDE, бесплатных и коммерческих. Можно ознакомиться с несколькими и выбрать что понравится. Преимущество IDE - поддержка отладки. То есть можно задать точки остановки программы и смотреть значения переменных в них. Я пользуюсь бесплатным Wing IDE 101, но поскольку оно мне понравилось, потом наверно перейду на коммерческий вариант. Ещё может заинтересовать Microsoft Visual Studio Code. Несмотря на такое название, у него есть версия для Linux. Не буду перечислять всё, так как есть обзорные статьи.
1) F9 python my-file.py 2) Удобнее Makefile ничего не придумали. emacs его поддерживает очень хорошо. Пишешь Makefile, запускаешь по F9. Запуск поддерживает автодополнение и историю. Очень удобен для запуска разных конфигураций.