Ubuntu и обновление пакетов из другого репозитория

Обновить или нет?

Тебе решать

Можно ли это отключить?

Можно. Либо холдишь пакет, либо настраиваешь apt-pinning (гуглится) и выдаёшь ppa низкий приоритет

Какой вообще смысл делать свои версии пакетов из дистрибутива?

Получается, если их не поставить, то certbot может некорректно работать, а если поставить что-нибудь другое сломается...

Какой вообще смысл делать свои версии пакетов из дистрибутива?

Свои патчи, например.

Но ведь они могут поломать что-нибудь другое? Т.е. передо мной стоит дилемма, что потенциально сломать? Не было бы правильнее полагаться разработчикам/мантейнерам на то, что уже есть в дистрибутиве?

вполне, перед каждым пользователем всегда появляется дилема использовать старое проверенное средство или новое неизвестное.

ты можешь отказаться от репы или использовать ее на свой страх и риск.

имеющиеся в дистрибе компоненты могут быть устаревшими и не содержать необходимой функциональности. поэтому в комплекте с ПО ,если надо, выкладывают обновленные пакеты сторонних библиотек и т.д.

Как можно сравнить две версии пакета и понять чем они отличаются? Как вообще в таких случаях рационально принимать решение?

никак.

сравнение бинарных объектов практически бессмысленно.

смотреть исходные логи создателей библиотек.

имхо, выход один - поднять виртуалку/контейнер и там тестануть.

В таких случаях тестирование мне кажет затруднительно, т.к. обновленные библиотеки могут много чего затрагивать в системе (в настоящем или будущем). Всего не протестировать.

Т.е., получается, рациональное принятие решения не возможно?

рацоинальное решение использовать ПО из стандартного репозитория ОС. там оно проходит какое-либо тестирование и накладываются патчи от мейнтейнеров ОС.

работоспособность сторонних репозиториев, как ни странно, полностью на вашей совести :)

Рационально использовать дистрибутивы, где могут быть библиотеки разных версий одновременно. Типа NixOS.

тогда уж лучше засунуть в контейнер. там вообще собственную среду с личным блекджеком и сопуствующими можно настроить.

Все равно не понимаю, зачем мейнтейнеры сторонних репозиториев хотят все сломать. Если им нужна более другая версия библиотеки, ну ОК, соберите и положите ее рядом для использования только в своей программе или вообще используйте статическую линковку. Зачем своим костылем заменять пакет из ОС? Кривые руки?

ну так они и не предлагают ставить все бибилотеки из своего репозитория.
есть нужные билиотеки нужных версий откуда из другой репы - пользуйся ими.

с год назад ставил прогу. автор живет в сусе, с убунтой/дебианом не знаком. но средствами сайта сусе сделан deb-репозиторий.
подключил репозиторий, решил установить а этот достаточно мелкий пакет потянул за собой весь комплект qt5 чуть ли не на несколкьо сотен мегов (место установки сервер - ничего лишнего нет). подивился, качнул и развернул вручную, посмотрел зависимости от библиотек, установил из пакет qt5 только то что нужно, поадобился пяток пакетов в десяток мегабайт. отписал автору - то признал что в депенденсы просто прописал какие-то дефолтные значения, сказал спаибо и поменял параметры сборки деб-пакета.

я все к тому что линукс не каменно-твердая система, не нравится поставь ручками то, что нужно, в том объеме что тебе нужно.