nginx исключение директории

Создать ещё один локейшен который будет выбирать только (не)нужные тебе запросы

Это может помочь: https://nginx.org/ru/docs/http/ngx_http_core_module.html#location

такой локейшен уже есть, в нем root прописан, и ниже вот этот

location ~* ^.+\.(js|css)$ {
       expires 2h;
}

и с ним перестает предыдущий работать с root

Значит разбирайся почему запрос попадает не в тот локейшен. Смотри в документации про приоритеты локейшенов