Как подправить работу шрифтов?

Я просто скопировал все ttf шрифты в /usr/share/fonts/

На будущее: лучше клади шрифты в /usr/local/share/fonts. Эффект тот же самый, но /usr/local как раз для этих случаев и существует, чтобы не мешать файлы, которые ставят пакеты и свои. /etc/fonts.conf этот каталог читает:

<!-- Font directory list -->

        <dir>/usr/share/fonts</dir>
        <dir>/usr/X11R6/lib/X11/fonts</dir> <dir>/usr/local/share/fonts</dir>
        <dir prefix="xdg">fonts</dir>
        <!-- the following element will be removed in the future -->
        <dir>~/.fonts</dir>

Встать-то они встали, но они убогие и местами это выглядит чёрт знает как. Например, в одном предложении с одним шрифтом, русские и английские символы выглядят совсем иначе.

Что касается вопроса, то трудно сказать без разбирательств. Ты уверен, что в шрифте есть кириллица? Если прямо совсем по-разному выглядит, то, может быть, сработало правило подстановки другого шрифта и для глифов разных языков используются разные шрифты.

Можно как-нибудь заставить систему игнорировать эти шрифты, но оставить их опционально для выбора во всяких приложениях, типа офиса?

Вопрос очень общий, поэтому и ответ общий: правила для fontconfig пиши. А зачем игнорировать фонты для приложений? Не выбирай их в приложениях, и все.

В основном с firefox такая проблема. Особенно в gmail. Удалить шрифты как было не проблема, просто иногда они нужны и туда-сюда не хочется их дёргать.

А по какой такой причине FF выбирает вообще твой этот хитрый шрифт? Его специально прямо просит какой-то сайт или, например, ты его в настройках FF по умолчанию для какого-то языка выбрал?

Это calibri, этим шрифтом мне пишут письма и он стоит у меня в подписи, т.к. это требуется внутренним регламентом.

Хорошо, а в другом браузере тоже самое происходит?

Зачем тебе виндовые шрифты, что в них такого особенного? Куда-то делся аноним, посылающий на винфак.

Требование компании. Лично мне они не нужны. К тому же с тем же успехом набор любых других шрифтов мог бы испортить ситуацию.