У меня схожая с этой проблема: https://ask.fedoraproject.org/en/question/91231/virt-manager-how-to-enable-vm...
Но в отличии от неё, у меня
du -sh
При этом если создать диск руками через
qemu-img create -f qcow2
du -sh
Fedora 29 LXDE, стоит на SSD и ext4, virt-manager использует qemu:///system благодаря добавлению пользователя в группу libvirt.