Когда запускалась программа

Вам нужно написать задачу, которая выполняется с некоторым интервалом?

Чтобы определенная программа запустилась в 00:00 и потом вывелась в файл

Напишите скрипт, который будет вызывать вашу программу и делать вывод в файл, а после этого добавьте вызов этого скрипта в любой планировщик в Linux (systemd timer или cron) с временем запуска в 00:00.