Не видит вторую сетевую карту

Может firmware не хватает. В debian для многих устройств отдельные пакеты с firmware.

PS: Хотя вряд ли, спрашивайте производителя.

Если я правильно нагуглил, то это нечто на ARM. Устройства скорее всего описаны в файле device-tree. Посмотри выхлоп dmesg на предмет ошибок загрузки фирмвари как советует Elyas. Если ничего нет, то возможно, что вторая сетевая выключена как-то через конфигурацию загрузчика.

По нагугленному я вижу, что в модуле только один сетевой интерфейс, но я смотрел бегло, так что мог пропустить.

Ещё надо внимательно смотреть конфигурацию загрузчика, если она тоже изменилась при установке образа.

C двумя сетевыми интерфейсами. Оба изначально работают.

Работают под чем (OS)?

Если речь идет о linux, посмотрите какие модули ядра загружены. Почитайте про поддержу этих же модулей в ядре, используемом в Debian9.

в device-tree/aliases есть ethernet0 и ethernet1

ссылаются на разные адреса aips-bus

dmesg выдает ругань на нулевой мак-адрес....

fec 2188000.ethernet (unnamed net_device) (uninitialized): Invalid MAC address: 00:00:00:00:00:00 [ 2.607978] fec 2188000.ethernet (unnamed net_device) (uninitialized): Using random MAC address: ce:81:51:ef:61:41

это похоже автоинициализация для eth0 другого не видно

Загрузись с Live fedora и посмотри что там.

В /boot никакого конфига нет типа boot.cmd, boot.ini или чего-то похожего? Там обычно прописываются куски dtb для активации оборудования.

Сравни со старой прошивкой, если осталось с чем сравнивать.