Скопировать работающую систему (cp -a . /mnt/flash) ?

Это вы из корня копировать собираетесь? Если да, то придется исключить каталоги proc, sys, temp и var. После копирования надо будет (возможно) сменить пароль рута, добавить пользователя. Обязательно подправить fstab и накатить grub (или другой загрузчик).

При копировании рекомендую cp -axvnu (ключи в man гляньте).

из работающей системы саму себя

Можно, но лучше из неработающей. Т.е. загрузиться с флешки, примонтировать и так скопировать. Тогда не будет всякого лишнего шлака.

https://yandex.ru/video/preview?filmId=17933236825311563480&text=%D1%8D%D1%82%D0%B8%20%D1%8F%D0%B3%D0%BE%D0%B4%D1%8B%20%D0%B5%D1%81%D1%82%D1%8C%20%D0%BC%D0%BE%D0%B6%D0%BD%D0%BE%20%D0%BC%D0%BE%D0%B6%D0%BD%D0%BE%20%D1%82%D0%BE%D0%BB%D1%8C%D0%BA%D0%BE%20%D0%BE%D1%82%D1%80%D0%B0%D0%B2%D0%B8%D1%88%D1%8C%D1%81%D1%8F&noreask=1&path=wizard&parent-reqid=1579960785172479-1656603289427244545902080-man1-4486&redircnt=1579960824.1

Если /mnt не исключить, то копирование будет зациклено и закончится только когда свободное место на флешке будет исчерпано.

Это вы из корня копировать собираетесь?

Да, хотел загрузиться с LiveCD (флешки) и «по-живому» ее настроить (не прибегая к chroot), а затем просто скопировать в другую папку.

полноценно скопировать из работающей системы саму себя

Я тебе уже давал эту ссылку. Вниматильно вникай в вариант 2. Он как раз позволяет это сделать. Но это для *бунту. На Дебиане не проверял.

Да, но нужно будет ограничить копирование одной файловой системой. И так по очереди. Ну и ещё опции правильные использовать или рсинк. Ну и потом фстаб править и загрузчик поставить.

Ловил «мёртвое» зависание копируемой системы, всячески не рекомендую такой фокус проворачивать с машинами, которые нельзя быстро перезапустить.

Да, хотел загрузиться с LiveCD (флешки) и «по-живому» ее настроить (не прибегая к chroot)

Сразу возникает вопрос - сколько пакетов Ты сможешь доустановить в Live сессии? Наверное зависит от объёма ОЗУ. Почитай https://wiki.debian.org/DebianInstaller/Modify/CD

Может тогда стоит установить Debian на флешку через debootstrap (https://www.debian.org/releases/stretch/mips/apds03.html.ru) или другим удобным Тебе способом, а дальше укатывать его сквошем или пользовать как полноценную систему с возможностью обновления (доустановки, удаления и т.д. и т.п.)

ли полноценно скопировать из работающей системы саму себя,

То бишь на ходу? Не прекращая работу? Если RAID1 то возможно.

Да, хотел загрузиться с LiveCD (флешки) и «по-живому» ее настроить (не прибегая к chroot)

А может стоит создать img файл размером с флешку. При помощи QEMU установить на нее систему. А потом или залить на флешку или упаковать в sqush-fs и заменить образ на live диске.

ХЗ, что Тебе надо. :-/

ХЗ, что Тебе надо. :-/

Всего лишь «живую» флешку с нужными программами и настройками. Понимаю, что скорее всего лучший вариант это предложенный andytux через Grub, но для меня это пока совсем темный лес. Пока остановился на пересоздание оригинального Live образа, с копированием системы «на живую» (с ограничением на одну файловую систему), упаковка в squashfs и замена в оригинальном образе. Кстати, на данный момент ошибок от такого копирования (из корня саму себя) не заметил.

Сразу возникает вопрос - сколько пакетов Ты сможешь доустановить в Live сессии?

Так я большинство пакетов и настроек собирался сделать при первичной установке Linux, а оставшиеся правки только по мере необходимости. Можно было обойтись вообще без доустановки, но т.к. с Linux только знакомлюсь все равно придется что-то изменять.

Прочти этот комментарий: LiveCD с установленной системы (комментарий)