Поломалось окно файлового менеджера при скачивании файлов

Добавь теги: gnome, gtk и font.

Попробуй в ~/.config/gtk-3.0/settings.ini прописать тему и шрифт свои

[Settings]
gtk-theme-name=Arc
gtk-icon-theme-name=gnome
gtk-font-name=Ubuntu Light 11

Было бы неплохо увидеть, как оно по твоему мнению должно выглядеть.

Я вижу здесь какую-нибудь рандомную азиатскую локаль со шрифтом, который этот самый рандомный азиатский язык не поддерживающий. Но это пальцем в небо, и без вводных лучших советов вряд ли будет.

там хотя бы должен отображаться шрифт, а не квадратики

Если локаль стоит которую щрифт не поддерживает то будут квадраты. Например японская

Не менял ли ты чего (в том числе бездумно запущенными скриптами, заменой файлов или их удалением) в:

• ~/.config/gtk--3.0;
• ~/.config/fontconfig;
• ~/.local/share/fonts;

?

Или может устанавливал/удалял пакеты, меняющие содержимое в:

• /etc/fonts;
• /usr/share/fonts;

?

И да это не файловый менеджер а диалог выбора файла. И переменные (локаль например) может наследовать приложения из которого его вызывают. Чем файлы качаешь?

не, не менял

можно подробнее о том, в каком плане чем качаю? не очень понял

изображение файлового менеджера при скачивании файла

После каких действий в какой программе это «изображение появляется». В браузере нажали скачать или что?

когда сохранял файлы в скайпе, загружал фото в вк

В ВК чем фото загружали? Тоже прогой на электроне? Может быть проблемы еще с harfbuzz и pango

подобное https://github.com/adobe/brackets/issues/13731#issuecomment-340740745

SKYPE если не из реп то пересобрать с новым harfbuzz (обновить)