Можно ли делать симлинки на файлы с CD?

Ну вы блин даете! Конечно. man mkisofs.

а причем здесь mkisofs? iirc софтлинки только можно делать, т.к. хардлинк должен поинтить на файл на той же самой fs

Тьфу, верно - симлинки на _файлы_с_CD_ ! И это можно. Например: ln -s /cdrom/dir/file cdfile, а уж монтировать вручную.