kernel configuration is invalid

Со слишком новыми ядрами у virtualbox всегда проблемы были.

На 4.19.x наверняка сразу заработает. Может быть на 5.4.x

IMPORTANT: 3 news items need reading for repository ‘gentoo’.

после такого помогать тебе не хочется

Hедавно в gentoo, пока что не опытный пользователь.

Сделай eselect news read и внимательно прочитай что там написано. Потом приходи сюда, будем думать над твоей проблемой.

Выработай привычку делать так каждый раз, когда видишь такое сообщение.

IMPORTANT: 4 config files in ‘/etc/portage’ need updating.

С этим тоже лучше разобраться сначала, если система обновлена полностью за исключением virtualbox

https://wiki.gentoo.org/wiki/Handbook:X86/Portage/Tools/ru

забей, просто возьми за привычку иногда просматривать новости дистрибутива - там полезные вещи выкладывают eselect news list eselect news read N, например была важная новость о переезде на python3.9 и инструкция как это произвести.

А сорцы ядра установлены?

Для сборки модуля VB нужен твой текущий .config, если ты его играясь с ядром похерил в /usr/src/linux/, то достань из /proc/config.gz или любым другим способом восстанови. Может быть так, попробуй.

Я не игрался с ядром.

  ERROR: Kernel configuration is invalid.
         include/generated/autoconf.h or include/config/auto.conf are missing.
         Run 'make oldconfig && make prepare' on kernel src to fix it.

Исходники ядра есть, но они не сконфигурированы/подготовлены.

Это не отменяет необходимость проверить наличие конфига.

Спасибо, make prepare сработало!