Конфликт AUR пакетов

Обычно нет. Хотя коллизии и не исключены, но разруливаются. Гугль в помощь, по каждому отдельному случаю.

Смотря какие и смотря что ты подразумеваешь под «конфликтуют».

Я подразумевал программы с одинаковыми именами. А какие ещё бывают конфликты?

Программа А хочет библиотеку версии Х, но установлена версия Y.

Когда одинаковые имена, ты просто должен выбрать репозиторий, из которого нужно устанавливать. Но я даже не помню, чтобы в официальных репозиториях и в AUR были одинаковые пакеты.

Обычно под конфликтом имеется в виду, что один пакет не может быть установлен одновременно с другим. Тогда ты просто выбираешь, какой из них ты хочешь.

А конфликт может случиться, если оба пакета из официальных репозиториев?

https://wiki.archlinux.org/title/PKGBUILD#provides

Нет как правило, но бывает в AUR патченная версия какой-то программы из реп, например, в АУР куча версий досбокса,которые конфликтуют как между собой, так и с досбоксом из реп.

В случае git-версии часто конфликтуют. А так банальная замена пакета