Не выключается сетевой адаптер

Отключи в настройках BIOS опцию пробуждения от USB (Wake on USB).

Оно же выключит пробуждение по сигналу с usb-мыши|клавиатуры, или ещё и перестанет подавать питание на порты при suspend?

Да, но ему нужно чтобы гас светодиод, это уже его выбор.

Уточню, что в винде все работает корректно, и светодиод гаснет когда нужно. Поэтому мне кажется, что дело не в биосе

Ну тогда пиши скрипт, который будет посылать сигнал USB хабу на снятие с устройства питания.

Но возможно придётся его переподключать при включении, хотя врядли.

И обеспечь вызов скрипта при выключении и уходе в спящий / ждущий режим.