while read line
do
var=`ssh user@host 'command'`
echo $line
done < /home/file
При таком раскладе, скрипт отрабатывает идеально, но только один раз, на следующую итерацию не заходит.
Если убрать строку с ssh, то отрабатывает как надо и сколько нужно раз.