запускал screen вот так и всегда все ровно писало. Сейчас лог не пишет. Перетыкал все что в силах было, не помогло, пока грешу на смену погоды, кроме этого ничего не менялось)
$ssh->exec_cmd('cd /home/'.$id.'/cstrike/hltv/; echo -e "deflog on\nlogfile flush 0.5\nlogfile /home/'.$id.'/cstrike/hltv/screenlog.0" > .screenrc');
$run = 'su -c "cd ~/cstrike/hltv; screen -ALmdS hltv_'.$id.' ./hltv_run +connect xxx.xxx.xxx.xxx:xxxxx -ip xxx.xxx.xxx.xxx -port xxxxx +record /files/demo/demo/ +exec hltv.cfg" -l user_hltv';