После записи флешки она не доступна

Или в винде , или низкоуровневое в начале флешки.

И нечего винде там делать. Не для неё писано.

Как писалось? Подозреваю - dd. Так и стирай - «обнуление» называется. В линуксе иногда достаточно полностью переразметить, начиная с таблицы разделов. Да и в Винде давно есть WSL.

Качаешь с сайта Alt Linux или Rosa утилиту для Windows для записи образа на флешку и делаешь с их помощью флешку снова активной. Образ записывать не нужно при этом.

https://www.altlinux.org/Запись_образов_на_DVD_и_USB_Flash#ALT_Media_Writer_(altmediawriter)

или

https://rosa.ru/how-to-write/#usb (сейчас они рекомендуют belenaEtcher)

Ряд других дистрибутивов предлагают аналогичные утилиты.

Как вылечить и грохнуть все чтобы флешка снова стала сама собой

Гугли «как удалить все разделы на флешке из-под линукс», мне помогло

1. Установить все же линукс и с помощью GParted удалить разделы с флешки.
2. Записать на флешку другой образ (?? это лишь мое предположение) чем вы там писали, Руфусом наверное. Сталкивался с тем что через управление дисками в винде не получается удалить разделы, но мне проще в линуксе все сделать, чем мучить и себя и винду.

Физически с флешкой всё в норме. Но Windows гораздо более капризная в плане форматирования, чем Linux. Потому видит только флешки, которые правильные с её точки зрения — то есть отформатированы в ней, или абсолютно пустые.

У меня получалось так подготовить флешки, допустим у тебя /dev/sdb (нужно в lsblk посмотреть:

sudo umount /dev/sdb1 # если что-то смонтировалось само
sudo wipefs -a /dev/sdb # удаляем все отметки ФС и разметки
sudo dd if=/dev/zero of=/dev/sdb bs=4M count=16 oflag=direct # затираем первые 64 мебибайта нулями

После чего флешка по сути возвращается в заводское состоянии, она абсолютно пуста. Windows такую спокойно видит и предлагает отформатировать, соглашаемся — далее такая флешка нормально работает как в Windows, так и в Linux (если драйвера на ФС стоят, но для FAT32, NTFS, exFAT они в большинстве случаев из коробки).