Нужно для тестирования дать root права программе и проверить что программа запустилась с нужными правами. Сейчас сделал вот так:
[Unit]
Description=Qt application autostart
After=graphical.target
After=network-online.target
Wants=network-online.target
[Service]
Type=simple
User=root
Grop=root
WorkingDirectory=/home/pi/Qt_Projects/SHUOT
ExecStart=/home/pi/Qt_Projects/SHUOT/SHUOT
[Install]
WantedBy=multi-user.target
