Добавил sata-диск, ребутнулся, итог:
1) после запуска гуи (lightdm+x11 с автологином) перестаёт работать клавиатура и мышь (alt+prtscr+b работает, ctrl-alt-f1, numlock итд не работают)
2) qemu-system-x86_86 (он в автозапуске) пишет про отсутствующий модуль kvm
Оказалось, что откуда-то запустилось ядро 3.16 вместо 4.19 и от этого всё пошло наперекосяк. В видимом после запуска /boot/ есть только 4.19, и в /boot/grub/grub.cfg тоже прописано 4.19. В биосе в качестве загрузочного на первом месте стоит правильный диск который был и раньше. Добавленный диск виден как sdb. В dmesg правильный диск - «sd 0:0:0:0», неправильный - «sd 1:0:0:0». Но походу grub цепляет с него и конфиг и ядро, хотя дальнейшая загрузка делается с правильного диска. Как так вышло и как исправить?
Этот второй диск - старый системный для текущей ОС, возможно там какие-нить идентификаторы совпадают, но до мая этого года тот диск был подключён вторым и всё работало (но была другая материнка хоть и той же модели - возможно отличается ревизия биоса или какие-то опции в нём). Старые системные разделы просто висели неиспользуемыми (у них тип mdraid, это половина миррора) и ничему не мешали. Никаких обновлений ядер/grub/initramfs за прошедшее время (с отключения диска) не было.
Подозреваю что всё починится если их просто снести и оставить только один нужный, но хочется разобраться в ситуации.
Обновление:
Заметил, что груб с не тем конфигом сам тоже не тот - над меню показывается версия пакета, там deb8. Осталось узнать кто же запускает не тот grub. Или эта строчка в конфиге прописана?
1) grub-install /dev/sda - не помогает (я думал возможно прошитый на sda груб почему-то считает что его домашний раздел на sdb)
2) затирание загрузочного кода в mbr sdb - не помогает (думал может быть биос грузит с sdb несмотря на явное указание грузить с sda)
3) убирание флага активности с sdb1 - не помогает
4) затирание описания раздела sdb1 (то есть этого раздела теперь вообще нет) - помогло, стал грузиться правиьный груб с правильным конфигом итд
Но тему решённой не помечаю, т.к. вопрос никуда не девается: каким образом и кто запускает груб не с того диска. Мастер-бутсектор на старом диске (кроме таблицы разделов) затёрт, то есть грузится точно MBR правильного диска, который в свою очередь вряд ли может по своей инициативе лезть на другой (или может?).
