Куда устанавливаются программы, и как их удалять?

Из rpm:

$ rpm -ql имя_пакета (например: $ rpm -ql firefox)

> *RUN и *Sh

Стандарта нет.

> Какие из этих программ попадают в иксовое меню "установка и удаление программ", а какие - нет?

Зависит от способа вписывания их в сие меню.

Какой дистрибутив?

Федора 6

Тут надо почитать иерархию каталогов до посинения.

Тогда про меню "установка/удаление программ" вопрос к пользователям Fedora.

ЗЫ не увлекайтесь графическими инструментами. Удачи.

> ..."установка/удаление программ"...

Ахтунг!

> Как удалять эти программы в автоматическом режиме?

rpm:

$ rpm -e имя_пакета