Как правильно сделать копию системы?

Ну как бы это...
cp -r /bin /sbin /etc /usr /var /home /mnt/otherhdd ?

Ну как бы это...
cp -r /bin /sbin /etc /usr /var /home /mnt/otherhdd ?

fstab поправить потом не забудь. И загрузчик -тоже.

Hard-Disk Upgrade HOWTO. Уж сколько раз твердили...

А cp с большой вероятностью повиснет вместе с системой на /dev.

А кто тут ему советовал /dev с помощью cp переносить? при переносе /dev надо сp -R делать и все

Ему что надо переносить? Систему? Значит, и /dev надо. А если уж так неохота читать howto, то использовать хотя бы cpio, а не cp для того, чтобы не потерять линки, владельцев, права и т.д. Обо всем написано в указанном документе.

P.S. Что-то беседа пошла не в ту сторону. Пусть howto читает. Заодно научится.