Ubuntu 7.04 игнорирует опцию winkeys

Попробуй

Option "XkbLayout" "us,ru" Option "XkbVariant" ",winkeys"

нет, не поможет

А что ты подразумеваешь под winkeys? winkeys - это модификация положение запятой и регистровых значений цифровых клавиш при русской раскладке. У меня работает как надо.

знаю

setxkbmap -layout 'us,ru' -variant ',winkeys' -print
setxkbmap -layout 'us,ru' -variant ',winkeys' -print | xkbcomp - -xkb out.xkb

Смотреть на сообщения setxkbmap и xkbcomp. Изучать out.xkb. В крайнем случае - применять strace

Всё отлично работает

Section "InputDevice"
  Identifier "Generic Keyboard"
  Driver "kbd"
  option "CoreKeyboard"
  option "XkbRules" "xorg"
  option "XkbModel" "pc105"
  option "XkbLayout" "us,ru"
  option "XkbVariant" ",winkeys"
  option "XkbOptions" "grp:alt_shift_toggle,lv3:ralt_switch,grp_led:scroll"
EndSection

Может у тебя Гномовский индикатор раскладки врублен и перекрывает настройки?