Существует ли какая-нибудь система контроля версий, которая работает с внесённым в репозиторий каталогом без надобности прописывать индивидуально файлы и каталоги? Т.е. кидаешь в подкаталог файл - он при коммите уходит в репозиторий. Меняешь - уходит модификация. Удаляешь - удаляется из репозитория (с сохранением версий) Т.е., скажем, cvs/svn без "add"/"del" (или с ними автоматическими).
При этом, понятно, нужно чтобы эта VCS не мусорила своими каталогами в локальной копии репозитория.