autoheader - что это за файл и откуда его взять можно?

Нету ни в каком. Этот файл должен генериться скриптом инсталляции программы, в ём должна быть прописана конфигурация данной проги под твою машину.

autoconf

Это точно не запускной файл?

А то при сборке pvpgn 1.1.4beta3 (это батл-нет сервер с поддрежкой warcraft3), ./configure проходит нормально: ... checking for mkdir... (cached) no checking for _mkdir... (cached) no checking for strsep... no configure: creating ./config.status config.status: creating Makefile config.status: creating config.h # make The config.h.in header is out of date; rebuilding... cd . && autoheader /bin/sh: autoheader: command not found make: *** [config.h.in] Error 127

а вот make выдает такое. Судя по надписи autoheader все же является исполняемым файлом или я ошибаюсь?

Это точно не запускной файл? 
А то при сборке pvpgn 1.1.4beta3 (это батл-нет сервер с поддрежкой warcraft3), ./configure проходит нормально: 
... 
checking for mkdir... (cached) no
checking for _mkdir... (cached) no
checking for strsep... no
configure: creating ./config.status
config.status: creating Makefile
config.status: creating config.h
# make
The config.h.in header is out of date; rebuilding...
cd . && autoheader
/bin/sh: autoheader: command not found
make: *** [config.h.in] Error 127

а вот make выдает такое. Судя по надписи autoheader все же является исполняемым файлом или я ошибаюсь? 

Торможу.. конечно надо было autoconf установить. Спасибо!