может, но только в странах, где действуют софтверные патенты (сша, япония и кто-то еще)
для этого надо включить в код гплной программы реализацию патентованного алгоритма и быть владельцем этого патента - перераспространение такой программы (неважно, с изменениями или без) будет запрещено без разрешения владельца патента