Вобщем при чтении с USB-флешки некоторого одного и тогоже файла в режиме USB-2.0 и режиме USB-1.1 получаем совершенно разное содержимое, точнее md5 не совпадают. И при этом НИКАКИХ ОШИБОК!!!
С IDE-флеш наблюдал тоже самое только там файл уже спасти было некак:(