Too many open files in system

man lsof?

изучать вывод lsof весьма унылое занятие. для того чтобы просто узнать _кто_, можно просто смотреть в /proc/<pid>/fd/
как-нибудь так, например:

find /proc/ -regextype posix-extended -maxdepth 1 \
-name '[0-9]*' -exec echo -n {} ' ' \; \
-exec sh -c 'ls -1 {}/fd/ | wc -l' \; | \
sort -n -k 2

в 1м столбеце pid, во 2м кол-во файловых дескрипторов