Попробуй внимательно пересобрать ядро с самого начала,
у меня было подобное, в чем причина -не понятно, но пересборка
помогла.
Кстати, пришлось дополнит. ссылку ( не по readme)сделать
(RH5.2, KERNEL 2.2.13)
cd /usr/src/linux/include
ln -s /usr/src/linux/include/asm-i386 asm
и /usr/src/~linux заменить на /usr/src/linux.