Если пользователя больше нет, можно его дом.каталог снести без опасений?

Можно.

можно снести его хоумдир, его запись в /etc/passwd, если у него есть своя группа - то снести его группу в /etc/group -- да и следа не будет! :)

а еще после этого rm -Rf `find / -nouser`

А userdel -r как ?