насколько мне известно то с недавних пор 1С стал работать под ASPLinux а значит можно

либо http://mdlin.by.ru/lin1c.html либо через rdesktop

?

- rdesktop ?

http://www.rdesktop.org/ open source client for Windows NT Terminal Server типа удаленного запуска приложений на сервере(под вынью) с выводом результата на локальную машину(линь)