Удалить из видео одну из звуковых дорожек.

Берешь mkvmerge (из пакета mkvtoolnix) и перегоняешь файл. Дорожки выбираются по вкусу. Если командная строка нервирует - mmg (есть в комплекте) в помощь, это гуевина к mkvmerge.

Если нужен контейнер avi с одной дорожкой, то можно mencoder -aid <номер нужной дорожки> -ovc copy -oac copy -o out.avi in.avi