директория сайтов - /home/user_name/www или /var/www

песочница ?

Если апач то смотреть в /etc/httpd/ или /etc/apache/ ...

> зарегистрирован один юзер login:user. И все сайты, принадлежащие ему, лежат в /home/user/www.

Наверно, тот кто когда-то это делал, решил что ему так удобно.

> Сейчас я создал другого юзера, но его сайты лежат в /var/www/user2/data/www.

Наверно тот GUI инструмент, которым это создавалось, настроен на это место.

> где это настраивается?

SI *** (*) (23.08.2008 15:26:32)

> Почему/дляЧего так сделано, и где это настраивается?

Как доступ к их сайтам осуществляется: userdir или virtual hosts?

>Как доступ к их сайтам осуществляется: userdir или virtual hosts?

virtual hosts

Просто придерживайся одного подхода к размещению и будет меньше проблем.