apt-build

Ну, во-первых, тогда уж -march=core2, во-вторых, я не уверен, но вполне возможно, что apt-build передаёт custom-флаги сборки через внешние C[XX]FLAGS, а пакет должен должен поддерживать такую сборку, что лежит на совести мэйнтэйнера - сделает он таким пакет или нет. Формально - не обязан, и далеко не все этим заморачиваются.

Если тебе какой-то конкретный пакет, возможно, я смогу помочь.

в конфиге все правильно..

похоже действительно что-то в самих пакетах.. Ладно, буду ковырять pentium-builder и apt-build..

не отдельный пакет, а вся система. gentoo, в которой это легко, меня не устраивает.. :(

Ну, вот потому что это не gentoo, очень мало кто таким заморачивается :) Тем более, что обычно для этих целей надо патчить систему сборки программ (возможно, всякие autotools могут это и сами, тут я хз).

Дебьяновские пакеты собираются при помощи debuild, у него есть куча переменных окружения, которыми можно немного "затюнить" процесс сборки. Посмотри, может где-нибудь там можно выставить те параметры, которые тебе нужны.

1. debuild вызывает dpkg-buildpackage, а с ним проблемы - устанавливает флаги компилятора не те, которые надо.

2. не просто пакеты, а аналог emerge.. ладно, похоже придется отказаться от этой идеи.