Проверьте включена ли поддржка AGP. Либо (если это модуль) modprobe agpgart -- скорее всего его не существует. Если драйвер встроен в ядро -- grep CONFIG_AGP /usr/src/linux*/.config
В любом случае xxd /dev/agpgart -- если ничего не выведет. значит все в порядке.
трудно судить но помоему при предыдущих сборах ядра на новой матери(MSI KT3V) этой ошибки не было, но при последней пересборке я только отключил rivafb, из-за глюков с X и всего лишь
