перешёл с koi8r на utf8

http://www.linux.org.ru/wiki/en/%D0%94%D0%B8%D1%81%D0%BA%D0%B8%2C_%D0%BF%D1%8...

convmv

Ну писалось же - convmv.
Ищешь в репозиториях своего дистрибутива пакет с этим названием, ставишь.
Для теста создаёшь каталог /tmp/test, в него копируешь пару файлов и каталогов с именами в koi8-r. Читаешь man convmv, натравливаешь convmv на тестовый каталог с разными опциями. при достижении желаемого результата натравливаешь convmv на реальный каталог с теми же опциями (--notest не забудь). Всё.

convmv -f koi8-r -t utf-8 * -r --notest