[md5] как проверить диск на правильность записи

"все работает" != равенство контрольных сумм. Неточная запись могла быть на любом участке диска.

cat /dev/cdrom | head -c `ls -l my-cd.iso | awk '{print $5}'` | md5sum

или 

dd if=/dev/cdrom bs=2048 count=<сколько блоков было в iso образе> | md5sum

Т.е. важно считать контрольную сумму всего устройства, а только
 первых n байт, где n - размер исходного iso образа. Иначе
 в расчёт попадёт служебная информация (диск записал В. Пупкин by k3b и т.п.),
 и md5/sha sum будут не совпадать.

З.Ы. Битый iso образ можно записать, и с него даже можно загрузиться - это
 только значит, что ошибка не в загрузочной области.

Упс. Забыл не. Нужно считать именно по первым n байтам.