Где modprobe ищет модули?

> Правильно я понимаю, что не может существовать двух модулей для разных штуков (например железки и файловой системы) с одинаковым названием?

С одинаковым именем модуля - скорее всего нет. Но имя модуля != имя файла

> Зачем нужны файлы modules.*

Разрешение зависимостей.

>свалить прямо в эту директорию не создавая там более никаких директорий (kernel, drivers, net, fs...) ?

Разделение по директориям ни на что не влияет. Можно просто свалить все модули в одну диру. Главное depmod не забыть сделать после этого.