При пересборке пакета, не создаются новые конфиги. Покажу на примере:
$ cat /etc/conf.d/clock | grep ZONE TIMEZONE="Europe/Moscow"
# Т.е. не дефолтное
$ equery b /etc/conf.d/clock sys-apps/baselayout-1.12.11.1 (/etc/conf.d/clock)
$ sudo emerge baselayout -1
# Должен создаться clock._cfg0000 (точно не помню)
$ sudo etc-update Scanning Configuration files... Exiting: Nothing left to do; exiting. :)
# А вот фиг!
$ emerge --info | grep CONFIG CONFIG_PROTECT="/etc" CONFIG_PROTECT_MASK="/etc/ca-certificates.conf /etc/env.d /etc/fonts/fonts.conf /etc/gconf /etc/php/apache2-php5/ext-active/ /etc/php/cgi-php5/ext-active/ /etc/php/cli-php5/ext-active/ /etc/revdep-rebuild /etc/terminfo /etc/udev/rules.d"
# Т.е. начения дефолтные
Прошу помочь мне разобраться...