1. Что за регэкспы? в какой проге/языке?
2. В сравнениях можно использовать "не равно", типа s != "FILE", и без всяких регэкспов
3. В некоторых прогах/языках можно сделать отрицание регэкспа, в sed'е например используется модификатор "!", т.е. /FILE/!
Если доступны перловые регэкспы, то через опережающую проверку (негативную)
$ ls / | perl -ne 'print if /^(?!usr$)/'
bin
boot
cdrom
dev
etc
home
initrd.img
lib
lib32
lib64
media
mnt
opt
proc
root
sbin
srv
sys
tmp
var
vmlinuz
Но лучше такими извращениями страдать только в абсолютно безвыходных ситуациях.