Система контроля версий бинарных файлов

Врядли ты будешь хранить diff между бинарниками, как это делают VCS для текстов. Поэтому просто держи отдельные версии проектов в отдельных директориях/архивах

> Какую VCS лучше использовать, если не требуется сравнивать изменения в файлах?

Практически любая подойдет. Например, subversion.

Используй что-нибудь кроме сабвершн.

Базаар подойдет - репозитарий ин плейс, нет истерик по поводу конфликтов в бинарниках (как в subversion было когда я с ним работал), кросплатформенно (в отличие от git) и расширяемо.

да любая, все это умеют. имхо можно хоть бакулой по крону бэкапить.