Как узнать с какими опциями configure собиралась программа?

если не удалил исходный каталог, то config.status

Это deb пакет из Ubuntu

В большинстве случаев нет. PHP такое запоминает. Apache - частично. Можно косвенными путями попробовать узнать, через strings, например.

Предложить команде майнтайнеров писать это в информации о пакете тем или иным способом. Была бы неплохая фича для дистрибутива.

> Это deb пакет из Ubuntu

тогда скачай *.diff.gz файл, все правила сборки находятся в debian/rules.

> Предложить команде майнтайнеров писать это в информации о пакете тем или иным способом.

вы таки предлагаете новый формат *deb пакетов? может и свой apt-get напишете? космонавт понял что не потянет и взял всё из Debian

>Предложить команде майнтайнеров писать это в информации о пакете тем или иным способом.

В Debian частенько указывается в README.Debian

>вы таки предлагаете новый формат *deb пакетов?

Нет, я предлагаю старый использовать. Описания вроде как предусмотрены.