Подскажите...

Настройки прокси для гнома? В душе не представляю.

Настройки прокси для программ, запускаемых из консоли? В конфигах твоего любимного шелла (/etc/bash.bashrc, ~/.bashrc etc) в виде
export http_proxy=http://proxy:8080/

Для демонов, умеющих работать через прокси — в их конфигах.

Для демонов, не умеющих работать через прокси и запускаемых в обертке Dante — в /etc/dante.conf.

Для всех остальных — в iptables -t nat -vnL OUTPUT.