[reduce] Запускается только из терминала.

убунта, ставил из rpm от scientific linux.

но терминал продолжает висеть.

В смысле больше никаких команд в терминале нельзя ввести? Так это нормально, шелл же не обладает телепатией, чтобы определить что программа графическая и её нужно в фоне пускать. Запускай с nohup и &.

А в чем выражается не-запускание не из терминала?

Добавь на панель «Пользовательскую кнопку» (если дело обстоит в gnome, хотя я на 120% уверен, что в KDE есть нечто похожее), далее заполни поле «Команда». Все.

из наутилуса не открывается щелчком и нельзя добавить запуск с панели гнома, не указав, «запускать в терминале»