ftp

Если под «линукс-боксом» понимается настроенный роутер, то кажется я догадываюсь в чём проблема: роутер не прокидывает соединения от сервера до клиента.

http://www.google.ru/search?q=ftp+connection+tracking

Да вроде ip_conntrack_ftp на месте.И оно то работает, но вот сидит и ждет 15 секунд почему-то

Попробуйте посмотреть tcpdump'ом пакеты на Интернет-интерфейсе линукс бокса для ip-адреса сервера, на который идёт аплоад (понятно, что дампить пакеты до того, как начинается upload). В каком режиме ftp (active или passive)?

всё равно какой фтп тормозит всяко

вы начитались статеек о том, что запятые не нужны?