Что делать с файлом access_log в Apache, когда он становится очень большим?

При запущенном апаче? Файл "удалится", но место не освободится (любая книжка о том, как устроена файловая система *NIX).

Правильное решение -- читать, что такое logrotate.

Временное решение cat /dev/null > access_log

Нашел в документации
TransferLog "|rotatelogs /path/to/logs/access_log 86400"

А куда это нужно вставить?

В конец файла httpd.conf

Удачи!

можно короче
> access_log