как обновляются исходники

сами исходники обновляются скачиванием:)

Если тебе по быстрому нужно удалить те файлы которые были проинсталлированы когда-то make install, то ты можешь сделать find(1) файлов у которых mtime находится в определенных пределах.

А правильный подход это хранить списки тех файлов которые ты инсталлируешь и потом если нужно их можно использовать. Или что по сути то же самое вручную собирать пакеты. Например на моей системе если я захочу удалить установленный ранее из исходников gcc то мне достаточно написать rmpak /var/db/pakz/gcc*.lst