c2960 и 40 секундная задержка перед линком

>Между поднятием соединения и реальным установлением связи

Поднятие соединения --- это включение компьютера? (появление индикатора «link» на сетёвке), а реальное установление связи --- это начало хождения пакетов?

А на Cisco в это время индикатор порта горит оранжевым цветом?

ИМХО, 40 с для Cisco свичей многовато, это роутеры столько думают, а свичи порядка 20 секунд. Может у вас на портах включён STP или RSTP.

>Поднятие соединения --- это включение компьютера? (появление индикатора «link» на сетёвке), а реальное установление связи --- это начало хождения пакетов?
Так и есть

А на Cisco в это время индикатор порта горит оранжевым цветом?

Да

Может у вас на портах включён STP или RSTP.

Скорее всего это он. По дефорту он включен.
Как вариант - выключить его совсем.
no span vlan 1
Либо оптимизировать
span mode rapid
span portfast default