Как заставить работать ftp через http proxy?

/etc/apache2/mods-available/proxy_ftp.load ?

> сейчас у меня гном

Система -> Параметры -> Параметры прокси-сервера

через export не пашет

Должно. Либо вы что-то не так делаете, либо используете программу, которая игнорирует системные настройки.

Firefox имеет собственные настройки proxy, Настройки -> Дополнительные -> Сеть -> Настроить

А вообще, «прозрачные» прокси рулят, но это уже к вашему админу.