Какие порты использует APT?

а что прописано в sources.list? может быть и ftp, емнип

А что у тебя в sources.list ftp или http?

В сорс.листах естественно http, всё по умолчанию.

Но по каким-то причинам выдается примерно следующее:

Ош http://archive.ubuntu.com karmic/univers Translation-ru
Получен заголовок длиннее 360 символов [IP: 91.189.92.167 80]

У меня так прописано

$ cat /etc/apt/apt.conf
ACQUIRE {
    http::proxy "http://login:pass@proxy.example.com:8080"
}

все отлично работает. Ну, разве что, кроме add-apt-repository, но это уже убунтовские заморочки. Еще использовал другую прокси с портом 3128 — тоже все отлично.

Прокси прозрачная.

Попробуй Cupt.

(да, это реклама)