>Как в скрипте проверить перед удалением что все запаковано без ошибок не представляю

не кажется клиникой? упаковщик сам все проверяет, после чего всякие контрольные суммы делает.

если шизофрения не отпустит, могу предложить лишь одно...

1. на машине А собрать md5 всего барахла, которое нужно запаковать и отправить на машину Б

2. запаковать и отправить на машину Б архив и набор md5-сумм

3. распаковать данные на машине Б проверить md5-суммы

Т.е .если я говорю zip -r file.zip file1 file2 а потом не будет обработки нештатного завершения операции то скрипт остановится а не будет выполнять rm?

#!/bin/sh -e
Теперь остановится. Главное, чтобы при ошибке zip завершился с ненулевым кодом завершения.

вот этот вопрос меня и мучает как удостовериться, что архивация прошла штатно а не вылетел почему-то архиватор

Если она прошла удачно, $? после выполнения команды равно 0. Иначе - больше ноля. (естественно, я имею ввиду sh-скрипт)

Различные значения $? описаны в manpage архиватора.

Если sh запущен с параметром -e, или в скрипте встретилось «set -e», sh будет проверять $? (это называется exit code) после каждой команды и завершаться, если он не равен 0. Соответственно, удаление файлов не произойдёт, а вы можете запустить что-то вроде
./mybackupscript.sh || echo «script returned non-zero exit code» | mail -s «backup error» root@localhost

Если архиватор вылетит (код завершения не 0), то следующие команды в скрипте выполняться не будут.
При условии, конечно, что команды перечислены в виде command1 && command2 && command3

Т.е. вылет с кодом 0 не возможен?

После передачи архива на NAS, скопировать его обратно на сервер, там развернуть и сравнить все файлы и исходными с помощью cmp, без всяких md5.

Если разработчики архиватора не дебилы, то невозможен.

RTFM, @#$#@

man zip: ... Move the specified files into the zip archive ... Test the integrity of the new zip file.